Сюжет

Игра начинается с того, что главный герой, агент отдела ФБР по расследованию серийных убийств (англ. SCU — Serial Crimes Unit) Итан Томас (англ. Ethan Tomas), прибывает на место убийства. Он и его коллеги заходят в покинутое здание, рядом с которым бродят психопаты и преступники. Убитая — молодая женщина. Её труп лежит на полу со следами удушения, а напротив неё за столом усажен манекен мужчины. Итан и его коллеги приходят к предположению, что это убийство — дело рук Составителя Пар (англ. Match Maker), маньяка, на след которого уже ранее пытался выйти Итан. После дальнейшего осмотра места преступления они чувствуют запах чьего-то сигаретного дыма и заходят в соседнюю комнату, где слышат с этажа выше шаги неизвестного, который затем выключает свет в здании. Итан и коллеги решают разделиться, и он идёт на поиски рубильника, в то время как остальные пытаются выбраться по пожарной лестнице. Во время блужданий в поисках подозреваемого, Итан находит рубильник, но его бьёт током при включении. Из-за этого его откидывает назад, и он теряет свой пистолет. Прятавшийся в тени подозреваемый подбирает пистолет и убегает. Итан идёт дальше, и после стычек с бродящими по зданию агрессивно настроенными наркоманами и остальными отбросами общества, встречает его в тупиковой комнате. Подозреваемый нацеливает на Итана пистолет и пытается убедить его, что они оба — на одной стороне. В это время коллеги Итана входят в эту комнату, и преступник убивает из пистолета обоих его коллег и вышвыривает Итана в окно на улицу со второго этажа.
Итан приходит в себя в своей квартире и обнаруживает, что рядом с ним находится Малькольм ван Хорн, друг отца Итана. Малькольм предупреждает Итана, что его разыскивают за убийство двух полицейских из его пистолета. Итан решает доказать свою невиновность. К счастью, на его стороне оказывается Роза, сотрудник лаборатории в отделе по расследованию серийных убийств, в котором работал Итан. Они общаются по мобильному телефону.
Скоро он находит доказательства, что маньяк интересуется карьерой Итана в своём отделе. Позже, Итан обнаруживает труп Составителя Пар, убитого тем же способом, которым он убивал своих жертв — задушенным и вместе с манекеном. Он решает, что тот преступник, который убил его коллег, пытается убить серийных убийц, которых в своём отделе разыскивает Итан. Итан и Роза решают называть этого преступника «Серийным Убийцей Икс» (англ. Serial Killer X). Итан отправляется на поиски ещё одного маньяка, которого он разыскивал в своём отделе — Мучителя (англ. The Torturer).
Спустя короткое время после обнаружения Составителя Пар, Итана атакует странное человекоподобное существо. Итан убивает его и после этого находит мёртвого Мучителя, убитого так же, как он убивал своих жертв. Скоро Итан встречает таинственного убийцу, который оказывается Лиландом ван Хорном, племянником Малькольма ван Хорна. Незаметно приезжает Малькольм и, чтобы Итан не навредил Лиланду, наносит Итану удар по голове, лишающий его сознания.
Когда Итан приходит в себя, он связан и находится в руках Лиланда. Лиланд объясняет Итану, что он убивал серийных убийц, которых разыскивал Итан, и что он хочет убить и Итана тоже. Когда Лиланд перебирает в уме те способы, которыми он мог бы убить Итана, в процессе этого отрезав ему палец, главный герой замечает другое человекоподобное существо, прячущееся в стропилах. Это существо известно как Ненависть и является источником безумия, охватившего Метро-Сити. Малькольм нападает на Лиланда сзади и начинает бороться с ним. Итан умудряется освободиться, и Малькольм говорит ему, что Итану надо убить это существо, так как оно является источником безумия Лиланда. Итан преследует убегающее существо. Он настигает его в амбаре и, наконец, убивает.
Малькольм везёт Итана домой и объясняет ему, что тот не сможет вернуться «ни в бюро, ни к старой жизни». Итан слышит звуки из багажника машины, требует у Малькольма остановить машину. Малькольм отказывается и объясняет, что хоть Лиланд и виновен и его не может оправдать даже то, что он убивал серийных убийц, он просто безумен. Итан настаивает. Машина останавливается. Итан приказывает открыть багажник. В багажнике связанный Лиланд с залепленным лентой ртом. Итан достаёт пистолет и нацеливает на Лиланда, чтобы убить его. Малькольм просит его переменить решение, но Итан отказывается. Тогда Малькольм достаёт револьвер и наставляет на Итана. Изображение на несколько секунд размывается, вокруг обоих появляются «человекоподобные существа». Игроку предоставляется выбор, 5 секунд — застрелить связанного Лиланда или нет. Если застрелить — сцена заканчивается. Если нет — Лиланд развязывает руки, вытаскивает спрятанный пистолет и совершает с помощью него самоубийство (как выяснится во второй части, попытка самоубийства была неудачной).
Позже, Итан и Роза разговаривают в закусочной. Выясняется, что обвинения с Итана были сняты. Роза просит его объяснить произошедшее. Итан спрашивает может ли ей доверять. Роза пишет на бумажке, что их разговор прослушивается, и тогда Итан говорит, что понятия не имеет, что произошло. Роза желает удачи и уходит. После разговора следует сцена в туалете, где Итану становится плохо, он вырывает в раковину, в отражении зеркала начинает мелькать «человекодобное существо». Итан резко разворачивается прямо в камеру и его лицо становится как у тех существ.
В процессе игры развиваются параллельная сюжетная линия о беспорядках в городе. Люди начинают всё больше склоняться к беспричинному насилию, а птицы мрут с той же пропорциональностью. Выясняется, что в определённых местах есть звук, который негативно действует на птиц, разрушая их мозг. Возникает предположение, что это действует и на людей. В разговоре Итана и Розы в закусочной Роза упоминает о неком экстремистском культе, результат действий которого и вылился в повышение преступности. В отчетах, открываемых при находке птиц и металлических пластин (от количества найденного зависит количество раскрываемого материала), спецслужбы установили, что эта секта влияет на людей вышеупомянутым звуком, используя его как оружие. Часть людей (скорее всего со слабой силой воли) испытывают головные боли, становятся агрессивными и во всём видят угрозу, потому и нападают, а также нередко совершают самоубийство. Сектанты, согласно расследованию, убеждены, что праведность — это тьма (такова природа человека, даже если он пытается доказать обратное), только тьма имеет власть над всем сущим, а неверные служат свету (таким образом склоняют человечество к насилию); и лишь избранные в полной мере познали тьму и умеют ею управлять.
Также на одном из уровней Роза показывает Итану секретный спецдок, хранимый в ФБР, в котором говорится и наглядно показывается о необычной физиологии тела главного героя: в частности, из его груди исходит рентгеновское излучение. В связи с этим, Итаном очень заинтересовано правительство. Можно предположить, что эта сила при столкновении с воздействием сектантов и порождает галлюцинации, которые наносят вред Итану как морально, так и физически.